在樹樁盆景中設置一些山石，能使景觀活潑多變，構圖完善，更具有山野情趣和自然氣息。

山石的設置，要經心設計，考慮周到，所配山石體量不宜過大，形態切忌獨特，或過于秀美，和主體樹木不相上下，甚至喧賓奪主。一般選取體態渾樸樸拙的龜紋石、鐘乳石、松化石、英石、砂積石、海母石等較量抱負。所用山石1塊、2塊、3塊、5塊或更多，凡是以奇數為好。

盆中山石或臥或立，半埋半露，如同林中散點的山石一樣，也如自然界山坡上的裸巖。但這種散點式的部署毫不是像散放的羊群一樣毫無紀律，而是有主次、大小、坎坷、前后、疏密、離合的變革，但石種必需統一，紋理要平等，體態、光華也較靠近。如同種英石，其體態、紋理不同很大，要選根基平等的紋理和體態才能調和。另外，各石間的面向也要留意，正如明龔安節《畫訣》中所述：“石必一叢數塊，大石間小石，然須聯結，面宜一向，亦宜大小顧盼”。

在詳細設置時，一種形式是將一組主石配于樹木近根處，坎坷幾塊，犬牙交織，樹木似從石間長出，野趣天然。再在離樹稍遠處配幾塊小石以求呼應。另一種是在樹木旁側有大片清閑，顯得空曠，在空曠處設置幾塊山石，虛中有實，可沖破空曠感。

要使設置的山石和樹態協調，如形態不同太大，則構圖上就難以統一。中國國畫中常有松石、梅石、蘭石、竹石圖等形式，用樹石間消息、虛實的比擬，襯托出松的蒼勁，竹的瀟灑，梅的高潔。如以石配竹，由于色彩和質感上的比擬，竹顯得越發青翠、嬌嫩。臥石配立竹，石低平蜿蜒，緊貼地面，更顯出竹拔地而起的神韻。

盆內樹樁往往不是完美無缺的，有的樹干局部過直或過曲，顯得僵硬，在樹干前配上一塊山石，可將缺陷補充。有的樹干傾倒，若用石支撐則一舉兩得。有的樹干向一側斜伸，重心不穩，若在樹傾斜偏向反側的近根處安排山石，能使構圖平衡。大懸崖盆景，整個樹身倒掛下垂，則下重上輕，若在盆面上安排兩塊直立的斧劈石或石筍石，同樣可使畫面平衡，給人以樹林長在峭壁之上的感受。