危害牡丹較重的紅斑病、灰霉病，其病菌隨病落葉在土中越冬，翌年五、六月份隨溫度回升及雨水增多而開始侵染牡丹。牡丹由于在花期消耗了大量養分，花后五月份正是發病的時機。但由于它一年開花只一次，花后管理很少有人重視，效果常發生葉部病害，影響牡丹孕蕾及來年開花。

牡丹花后用藥的詳細措施為：噴灑一百至二百倍等量式波爾多液，或百分之六十五代森鋅可濕性粉劑五百至八百倍液，或百分之五十托布津一干倍液，或百分之七十五的百菌清八百倍液，每七至十天噴一次，連噴四或五次。噴藥時，葉后頭尤其是基部葉后頭一定要噴到，地面也應噴藥。雨后噴藥，應先將基部葉面污泥用清水沖洗清潔。