金絲垂柳抗病力強，險些無病害。
危害金絲垂柳的蟲害重要有柳樹金花蟲和蚜蟲。兩者都是食葉性害蟲。可在3月上中旬噴3～5次石硫合劑,4月上中旬噴25%滅幼脲3號2000倍液防治。盛夏天節可見少量的柳葉甲、瓢蟲、尺底薊馬、卷葉蟲等蟲危害，可用甲胺磷或40％氧化樂果0．l％的溶液交替噴霧防治，每月防治1次。
病害重要有腐爛病和潰瘍病。防治措施重要是加強管理,加強樹勢,提高自身的抗病能力。發病較輕時,可在枝干病斑上,縱橫相間0.5cm,割深達木質部的刀痕,然后噴涂以下殺菌劑15%苛性鈉水溶液21∶10～1∶12的蘇吊水370%托布津200倍液4不脫酚乳油、蒽油等。對于發病較重的植株要實時拔除,使其與無病株隔離,防止其伸張,代除的病株要實時銷毀,有用控制病菌的傳播。