球根海棠的重要病害有白粉病、葉斑病、灰霉病、冠腐病。以白粉病、葉斑病為害較重。
1.白粉病
(1)癥狀特征：白粉病不僅葉片，葉柄、莖及花上也有發生。葉上病斑為近圓形，但邊緣不定的白色粉霉斑，霉層較稀薄。后期白粉斑常相互融合，覆蓋葉片，并呈淺褐色。莖、葉柄及花上病斑與此類似。
(2)防治方式：應選觀賞價值既高又抗病的品種栽植。加強栽植管理，合理密植，保證透風透光良好。發病初期，噴施2％三唑酮乳油2500倍液或40％福星乳油6000～8000倍液、50％多.硫懸浮劑600倍液。每10～15天1次，防治1～2次。
2.葉斑病
(1)癥狀特征：發病初期，病斑呈皰狀，暗綠色，逐漸釀成透明黃色，病斑擴大合并成黑褐色枯斑，上有白色黏液(菌膿)，干燥后呈淡灰菌膜，后期穿孔破碎，致使全株枯萎死亡。
(2)防治方式：采取無病株繁殖花苗，花土要消毒。栽植密度要合理，有利透風透光，澆水時制止濺于葉片上。發現病葉，實時摘除，并集中銷毀。發病較重時，實時噴施72％農用鏈霉素4000倍液。
3.梨圓蚧
(1)為害特征：為害多種花卉。雌成蟲、若蟲多聚集于嫩枝及嫩葉吸食汁液，造成枝葉生長虛弱，嚴重時枝干枯萎，早期落葉。
(2)防治方式：在引種要加強檢疫，并嚴禁到疫區引種。苗圃地應選擇排水良好、土壤肥沃、陣勢高燥處栽植。實時整枝修剪，保證透風透光。發生嚴重時，要在若蟲孵化期噴施50％殺螟松1000～1500倍液，噴施要均勻，嫩枝，葉的陰面要作為噴施重點部位。每10～15天1次，連噴2～3次。注重保護寄生蜂等天敵，以減輕為害。