牡丹是落葉小灌木，根系發達，屬肉質根，有顯著的主根與側根之分。繁殖方式較多，可以分株，嫁接，扦插，播種，其中常用的方式是分株法。分株的時間由生長發育的物候期來決議，牡丹2 月中旬至3月上旬芽體萌發，3月中下旬抽莖、展葉，4月上旬花蕾迅速發育，4月下旬至5月上旬開花，7月至8月舉行花芽分化，9月下旬至10 月上旬地上部門逐步截至生長，進入休眠。但此時地下部根系尚未截至生長，這時分栽牡丹根部傷口較容易愈合，而且又容易長出新根，來年早春牡丹生長發育所需養分、水分新根即可吸收供應，4月至5月即可開花。以是，每年9月下旬至10月上旬正是分栽牡丹的較佳時期，此時正好是陰歷八月十五前后，因此花農有“中秋佳節栽牡丹”之說。

如果分栽過早氣溫較高，栽后仍能萌發新枝、新葉，消耗大量養分，影響來年生長開花。如果分栽過晚，氣溫降低，根系截至生長，根部傷口就難以愈合，新根難以長出，來年早春牡丹生長發育所需養分、水分不能實時供應，會造成水肥供不應求，影響開花，甚至導致植株萎蔫死亡。

牡丹分株繁殖，選擇4年至5年生的大叢牡丹整株挖出，去掉根上附土，放陰涼處晾2天至3天，待根稍變軟后視其相互連結的情況，找出容易星散之處，用手掰開或用刀劈開，株叢大的每株可分4株至5株，株叢小的每株可分2株至3株。傷口處涂抹草木灰，以防腐爛，然后按原來入土深度舉行分栽。栽種的方式可分為地栽法和盆栽法兩種。地栽法，栽種時刨穴深度根據根的是非而定，填土時分層搗實，使土壤與根部密接。盆栽法，視根是非選擇大小相應的花盆，把牡丹栽于盆內。然后將花盆埋入土地中，開花時原盆取出，放置室內觀賞，花期過后，再將原盆埋入土地中。這樣栽植昔時入冬前即可長出一部門新根，來年即可準期開花。