牡丹為合軸分枝，枝條叢生，粗短。根蘗性強。夏秋分化型，花單生枝頂。一年一次生長，生長量小。在黃河中下游地區，3月萌芽，3～4月新梢生長，4月下旬開花，5～6月枝條截至生長，6～8月花芽分化，為夾雜芽，10～11月落葉。
牡丹的整形方式很簡單，通常機動壯麗生長，稍加人工的干預，整剪成多叢枝自然圓頭形。無論嫁接或分株繁殖的苗木，在定植后2～3年內，每株選留5～6個叢生主枝，整形帶可機動壯麗分枝而定。同時，將內向冗長枝、交織枝及并行枝剪去。若枝條不夠，可利用基本萌蘗枝培育。以后根據株叢生長情況，在主枝上逐年選留合適的側枝，側枝選留不宜多，制止重疊和交織。樹形不必講求圓整，以姿態自然為宜。
牡丹是夏秋分化型，而且花芽是夾雜芽，由昔時生枝的腋芽分化，翌年在夾雜芽抽生的新梢頂端開花，因此修剪工作多在休眠季、春季及花謝后舉行。牡丹的養護修剪次數較多，但每次的修剪量都很小，歸納起來一年4次。
第一次修剪在花后，實時將殘花剪去，以免結實虛耗營養(除收獲種子破例)，花下的葉片可所有保留以使枝條充分。
第二次修剪在5～6月，剝去新梢上部的葉芽，也可用別針將上部葉芽搗毀。摘芽應根據植株的強弱、分枝情況舉行。每枝可留1～2個豐滿芽，其他所有摘除，如果有足夠的開花枝，則每枝僅留一芽即可，每個芽開一朵花。如果株叢不整齊需留分枝，則在一個枝條上較多留兩個芽，否則留枝過多，既損壞株形，又渙散營養，使花朵變小。較弱的枝條，可不讓其開花，摘去所有的花芽，以待植株強壯后，則可開出碩大優美的花朵。
第三次修剪是重要的一次修剪，在冬末舉行。首先將枯死枝、弱枝、病蟲枝、傷殘枝疏除；然后每個枝條留1～2個分枝，每個分枝在其中部豐滿芽的上方短截，截留長度以留2～4個芽為宜。同時要檢查花枝是否過密過多，如果過密，應將低矮的花枝疏剪掉，使花枝稠稀適度，防止“葉里藏花”。
較后一次修剪是在翌年3～4月新梢開始生長時舉行，刨開根際土壤除去根蘗，又稱除土芽。牡丹的根蘗許多，呈紫紅色，生長勢很強，會與主枝爭取營養，促使株叢朽邁，同時也影響觀賞效果。云云時不除去，只會白白消耗養分，俗稱“芍藥打頭，牡丹修腳”就是這個意思。由于萌蘗陸續長出，以是除蘗的工作應延續舉行2～3次。
牡丹壽命較長，如果精致養護管理，可達百年以上。俗話說“老梅花，少牡丹”，以5～15年生的枝條開花較好，因此，必須注重更新修剪，才能抽生好的歲數輕的花枝。通常每隔2～3年將老枝、弱枝自基部疏除，選偏向適合而茁壯的萌蘗枝留作更新枝。 除此以外，還要注重一些花徑較大的品種，開花時花朵經常下垂倒伏，應該設立支柱給予支持。