銀杏是異花授粉的 植物，牝牡不同株，牝牡株搭配不當會造成授粉不良，這是許多銀杏園產量低的重要緣故原因。銀杏牝牡搭配的合理比例是20：1或25：1。但銀杏在開花前很難區別性別，這對銀杏的種植十分晦氣。銀杏性別早期判定有多種方式，但大多需要一定的裝備，現將兩種較為實用的判別方式介紹如下，供參考。
一、形態判別法
1.看主干枝夾角。雄株主干枝夾角較挺直向上，分枝夾角30°左右；雌株主干分枝下垂平展，夾角為50°左右。
2.看芽、葉分化時間。雄株花芽分化早，落葉晚；雌株花芽分化遲，落葉早。
3.看葉形。雌株葉缺刻淺且比雄株葉小些，雄株則正好相反。
4.看樹冠形態。雄株樹冠形成晚一些，枝條較少而細弱，層次清晰；雌株樹冠形成早，枝多且粗壯，層次較雜亂。
5.看短枝是非。雄株枝條短，一般只有1～2厘米；雌株由于多年效果不停延伸，通常有10厘米。
6.看花芽。雄株花芽大而豐滿，頂部稍平；雌株花芽瘦尖而小。
7.看花序。雄花序為柔荑花序，像 桑葚花序一樣；雌株則長，在花梗頂部門杈，如洋火梗。
8.看莖干粗細。雄株主干高一些，細弱一些，雌株則矮一些，粗壯些。
二、溴麝香草酚藍判別法
每次稱取樣品葉(去主脈)1克，剪碎成煙絲狀，放在清潔試管或錐形瓶等器皿中，加入0.1%溴麝香草酚藍液5毫升，在22℃～26℃溫度下，觀測顏色變化時間的是非。若為雄株，溶液2～3分鐘后先呈墨綠色，4～6分鐘后再呈綠色，9～10分鐘后為黃綠色，20分鐘左右即呈黃色至橙色；若為雌株，由藍、綠色至黃、橙色的顏色，變化時間需2～6小時。
形態判別法簡單便利，但經驗性強，可靠性不足。若把形態判別與溴麝香草酚藍判別法結合起來，則是既簡捷又有用的銀杏性別早期判定方式，具有較高的應用價值。