防治銹病、葉斑病。銹病和葉枯病是萱草極易發生的病害。銹病為真菌性病害，是萱草中后期的重要病害，5月上旬開始發生，6至7 月最為嚴重，直到10月以后才逐漸截至，危害葉片、花苔。葉片初發生少量黃色粉狀黑點，后逐漸擴展到全葉，以致全株枯死，發病時可噴施粉銹寧、敵銹鈉等殺菌劑防治。葉斑病由鐮孢霉屬真菌引起，是萱草苗期的重要病害，3月尾至4月初開始發病，4月中下旬至5月中下旬是發病高峰。常發生在葉片主脈兩側的中部，穿孔后造成水分與養分運輸中止，葉片尖端先行枯黃，最后全葉萎黃枯死。可噴灑波爾多液或石硫合劑舉行防治。

葉枯病由刺盤孢屬病原真菌引起，是繼葉斑病后發生的苗期病害。一般5月上旬開始發病，6月上中旬最為嚴重，重要危害葉片，也危害花苔。從幼苗時便發病，葉片中部邊緣初發生水漬狀小點，以后逐漸向上、下伸張，形成褐色條斑，最后至灰白色，嚴重時全葉枯死。可用50％多菌靈600至800倍液噴灑，也可在清明前后噴施波爾多液來防治

萱草的重要蟲害是紅蜘蛛和蚜蟲。紅蜘蛛為細小而形似蜘蛛的紅色蟲子，重要在葉片后頭刺吸汁液危害，被害處出現灰白色小點。可用40％樂果乳劑、20％螨卵脂可濕性粉劑等來防治。蚜蟲重要發生在5月份，先危害葉片，之后在花蕾上刺吸汁液，被害的花蕾瘦小，容易脫落。可用石硫合劑、40％樂果乳劑、25％馬拉松乳油、煙草石灰水等來防治。另外，在大花萱草繁育試驗中發現，5至8月份蝸牛對大花萱草的危害較為嚴重，應實時做好防治措施。