1.葉斑病：葉面呈現黑褐色小黑點，爾后擴大成不整形輪紋，最后生出玄色霉。防治要領：噴射波爾多液，或500倍代森鋅或代森錳。被害部剪除燒毀。

2.褐斑病：在葉面上產生淡黃綠小點，后漸擴大，產生褐色以致黑褐色的輪紋。防治法同葉斑病。

3.炭瘟病：葉面上初生紫褐小點，后擴大，周邊紫褐色，中部形成灰白色圓形花紋。病部開孔。防治法同上。

4.銹病：開花時從葉面開始產生淡黃褐色小黑點，不久膨大產生橙黃色黑點，爾后散出黃色粉末。防治法同上。

5.菌核病：葉上最初產生小黑點，逐漸擴大成為灰白色和淡褐色，濕潤天氣有白色綿狀物生出。花蕾有暗褐色黑點產生而糜爛。病斑部有玄色鼠糞狀菌核產生。防治要領：拔除病株，并舉辦泥土消毒，噴射波爾多液。

6.疫病：從下葉產生水浸狀病斑，灰褐色周邊為暗綠色。防治要領：噴射400倍銅汞劑，噴射波爾多液。

7.灰霉病：產生于莖、葉、花，葉赤褐色，花有褐色花紋，蕾雖呈現而花不能開放。防治要領：用敵菌靈或克菌丹之700倍液加展著劑噴射，或噴射波爾多液。

牡丹的蟲害不多，有時產生介殼蟲、卷蛾等。防治吹綿蚧，可用500倍的氟乙酰胺或氟蚜螨。防治卷蛾可用敵百蟲。