萱草重要病害：有葉斑病、銹病和葉枯病。銹病和葉枯病是萱草極易產生的病害。

銹病：為真菌性病害，是萱草中后期的重要病害，5月上旬開始產生，6至7月最為嚴重，直到10月今后才逐漸遏制，危害葉片、花苔。葉片初發生少量黃色粉狀黑點，后逐漸擴展到全葉，乃至全株枯死，發病時可噴施粉銹寧、敵銹鈉等殺菌劑防治。

葉斑病：由鐮孢霉屬真菌引起，是萱草苗期的重要病害，3月底至4月初開始發病，4月中下旬至5月中下旬是發病高峰。常產生在葉片主脈兩側的中部，穿孔后造成水分與養分運輸間斷，葉片尖端先行枯黃，最后全葉萎黃枯死。可噴灑波爾多液或石硫合劑舉辦防治。

葉枯病：由刺盤孢屬病原真菌引起，是繼葉斑病后產生的苗期病害。一般5月上旬開始發病，6月上中旬最為嚴重，重要危害葉片，也危害花苔。從幼苗時便發病，葉片中部邊沿初發生水漬狀小點，今后逐漸向上、下蔓延，形成褐色條斑，最后至灰白色，嚴重時全葉枯死。可用50％多菌靈600至800倍液噴灑，也可在清明前后噴施波爾多液來防治。

萱草的重要蟲害：是紅蜘蛛和蚜蟲。

紅蜘蛛：為細小而形似蜘蛛的赤色蟲子，重要在葉片不和刺吸汁液危害，被害處呈現灰白色小點。可用40％樂果乳劑、20％螨卵脂可濕性粉劑等來防治。

蚜蟲：重要產生在5月份，先危害葉片，之后在花蕾上刺吸汁液，被害的花蕾瘦小，容易脫落。可用石硫合劑、40％樂果乳劑、25％馬拉松乳油、煙草石灰水等來防治。

別的，在大花萱草繁育試驗中發明，5至8月份蝸牛對大花萱草的危害較為嚴重，應實時做好防治法子。