首先，要確保土壤不含病原體，可舉行以下處理：一是換新土或充分在野外輪作；二是加強管理，保證良好的生長條件。如需舉行土壤處理，則應一年一次，重要采取蒸汽、浸泡或使用化學等方式對土壤消毒。詳細采取哪種方式要視溫度、使用延續時間和濃度而定。

蒸汽方式 對25厘米至30厘米深的土壤，用80℃的蒸汽消毒至少1小時，弱壓蒸汽效果好于強壓蒸汽。蒸汽消毒可防治除腐霉病以外的其他病害。蒸汽消毒再輔以施加特殊的殺菌劑，除菌效果更好。但對pH較低的淤土壤，蒸汽導致其中有害物質錳超標，只有加人適量石灰調治pH值或短期蒸汽，才能使錳含量限制在標準值范圍內。

浸泡方式 在溫室中采取此方式消毒土壤，第一步，在5月播種兩色蜀黍等作物；第二步，6月中旬，當植株約50厘米高時，將土層深犁于20厘米處，隨后每1000平方米土壤施放100千克硝酸鈣。7月尾，作成寬60厘米至70厘米的畦后，灌水并覆蓋薄膜。2周至3周后，用旋耕機處理土壤并檢查pH值和電解質濃度。化學方式 如果條件許可，可用殺菌劑和化學藥劑來消毒土壤。采取這種方式，應在土壤溫度不低于10℃至12℃時舉行，隨后覆蓋薄膜。溫暖的天氣3天，冷涼天氣7天至10天后，將薄膜去除。

其他方式 腐霉菌再生能力很快，因此一年舉行一次普通土壤處理是不夠的。為控制真菌的生長，每次栽植前還要使用殺菌劑舉行防侵染處理。為散布均勻，將可濕性粉劑與沙子夾雜，然后用手撒播，或加溫水用粗嘴噴壺噴射，其作用效果可至土表下15厘米至20厘米處。人工或使用旋耕機使殺菌劑與土壤夾雜均勻非常需要。