唐菖蒲常見的病害有球莖腐爛病、葉枯病等；

1、球莖腐爛病：該病是貯藏期經常發生的一種病害。染此病后，球莖外面會出現黃褐色稍有凹陷的病斑，周圍出現玄色潰瘍狀，遇空氣濕度大時，病斑迅速擴大，外面出現青綠色的霉層，導致球莖萎縮干硬。

預防措施是：挖球莖時要仔細，阻止球莖創傷。收獲球莖后，較好先用冷水浸泡，再用酒精消毒后陰干貯藏，且使貯藏室透風、干燥，保持4-5 度低溫。

2、葉枯病：該病多從唐菖蒲下部葉片尖端開始發病，初為褪綠色黃斑，后期病斑干枯出現黑褐色霉層，7-9月發病較嚴重。

預防措施是：栽種前剝掉球莖干枯鱗片。并用0.5%的高錳酸浸泡球莖15分鐘，舉行消毒處理。或在植株病發初期，用噴克菌800-1000倍液或1%等量式波爾多液或50%代森鋅1000倍液，8-10天噴灑一次。