祁連圓柏是祁連山高海拔山區的重要造林樹種，在幼齡期生長較快。病蟲害的擾亂會對祁連圓柏造成非常大的威脅，導致生長緩慢。

1、銹病防治

祁連圓柏為我國特有樹種,在西北地區和西南地區有普遍的分布，圓柏梨銹病危害植株，預防需要在冬季清算枝葉，防止蟲卵越冬。發生病害，可在5月份噴灑1%等量式波爾多液，加強林間透風透光。

2、蟲害防治

3月中旬至4月中旬，是成蟲羽化、幼蟲孵化期，要做好蟲害的防治工作。大蚜蟲、七星瓢蟲等都市危害枝葉，要實時噴藥查殺，適當修剪，增添透風透光，削減沖哈繁殖。

3、葉枯病防治

圓柏葉枯病是近年來常發生的病害，發病初期葉子變黃綠色，較后釀成枯黃色，病斑向下伸張會危害嫩枝，造成針葉早落，可噴灑80%的抗菌素402的100倍液，加強撫育管理，控制病害的發生。