樹樁盆景的施肥方式極為考究，若施肥過多，枝葉徒長；缺肥，則枝條細弱，葉色變黃，易遭受病蟲害。
一是因時。新栽植、初上盆或新換土壤的樹樁盆景，由于根系受到損傷，暫時可不施肥，待到來年開春或初夏、盆樹生長興旺時多施肥；入秋后盆樹生長緩慢應少施肥，冬季盆樹已進入休眠期應截至施肥；在雨天或盛夏高溫的中午前后不宜施肥，因雨天施肥易流失，并易傷根系；且高溫時，水份蒸發快導致肥液濃渡過高而引起燒根；陰天或傍晚時施肥較好；若盆土稍干時，應先除去盆內雜草，并松土后，再施肥；這樣有利肥水滲入土中，促使肥料加速分解被吸收和利用，同時又可阻止藥害；
二是因量。樹樁盆景施肥量應把握少量多次的原則，每次施肥量要少、要稀薄；大樹樁和枝葉繁盛的盆景應適當多施肥；反之則應少施；一般立春到立秋這一較長的興旺生長期內，應每隔10天施一次稀薄肥水，即7份水、3份肥，也可用4—6％的磷酸二氫鉀、春泉883、肥力寶、惠滿豐等液體肥料舉行根外施肥則效果會更好，立秋后可每隔20天施用一次肥料，且施肥量應漸次削減，立冬后則不再施肥；
三是因肥。氮肥能促使植株生長繁盛，孕蕾多，常用的氮肥有豆餅、硫酸銨、尿素和經高溫腐熟的人畜大小糞便等；磷肥促進花色艷麗，果實肥大，如施過磷酸鈣、碎骨料。根外噴磷酸二氫鉀等；鉀肥促進根系發達、物質運輸、植株堅挺，常施用的如硫酸鉀、氯化鉀、草木灰等。也可根外噴施磷酸二氫鉀溶液等；同時應根據植株生長情況劃分施肥，還要按樹種特征和生長情況而定機動把握。