樹樁修剪可控制樹木生長，保持矮性，促使分枝并使葉片麋集，到達大樹變小，小中寓大的藝術效果。同時，修剪又是保證樁景植物在盆土少，水肥受限制的條件下正常地生長發育、開花效果(指花果盆景)、老而不衰的重要措施。一般落葉樹種(如榆樹、雀梅、三角楓等)一年四季均可修剪，但以落葉后發芽前為宜，由于此時樹上無葉，可以看清樹枝長勢，便于操作。對觀花盆景植物，昔時新枝上開花的(如花石榴)，宜在發芽前修剪，多年生枝條上開花的(如梅花)宜在花開過后修剪。生長緩慢的常綠樹，宜在冬季修剪；松類植物由于剪后易流松脂，宜在冬季晴天中午修剪。
一、疏剪，即將枝條從基部剪除。通過疏剪，樹樁透風透光好，營養供應集中，生長興旺。幼樹及早疏剪，可有利于正常發育生長；整形時疏剪，可使留下的造型枝條得到足夠的營養，加速成型；成型的樹樁盆景，通過疏剪，可起平衡營養的作用，使之老而不衰。
疏剪時第一要剪除病蟲枝，并立刻銷毀，以防止病蟲害伸張。其次，要把有礙美觀的枝條實時剪除。一般兩條相距很近的平行枝，要剪除一條，疊生枝、對生枝都要剪除一條；輪生枝只保留一條，別的所有剪除；徒長枝、主枝上發出的直立枝、下垂枝、反向枝都應剪除。丫杈枝、交織枝應剪除一杈枝，萌芽力強的樹種上萌發的小枝，除缺枝部位留下一枝逐步誘導補枝外，都要及早所有剪除，以免消耗養分，影響樹勢。樁景中的枝條疏剪，還要遵守藝術造型的要求。通常不相符造型要求的多余枝要所有剪除。
二、短剪，即將長枝短截，刺激剪口下的腋芽萌發，形成較強的側枝，從而到達促其分枝，便于造型的目的。
在整形中，將多余的枝條疏剪后，就要對留下的造型枝短剪，促使造型枝一年萌發2到3次芽。發一次芽舉行一次短剪，就會迅速增添造型枝的分枝級數，并能使每級枝序縮得很短，不拉長枝條。因此，短剪是樹樁盆景控制生長，保持矮性的有用措施，又是樹樁具有大樹形態，及早成型的重要手段。
三、縮剪，即對多年生的枝條舉行回縮修剪，它是縮小大樹的有力措施，也是促使萌芽新枝，恢復樹勢的重要手段。
對樹樁姿態較好，但樹冠大，主枝長的樁景植物來說，單靠對一年生枝的短剪和疏剪是無法到達樁景造型要求的，通過縮剪，可使大樹變小，有利于樁景造型；對某些萌芽力強的樹種，縮剪量可大些，即修光枝葉，僅保留樹樁的骨架，以刺激剪口下萌發新枝。