菌核病是矢車菊的重要病害，雨季發病嚴重。它通過病株與結實株間的接觸和土壤內菌絲體的生長伸張傳播。病害先從基部發生，感病初期呈水漬狀軟腐，并密生白色的絮狀物，后呈褐色，逐漸向莖和葉柄處擴展。后期，莖內外可見玄色的菌核。防治方式：

①栽植時株行距不宜過密，土質要求松散與排水良好。

②噴施藥劑。發病初期可用25%粉銹寧愿濕性粉劑2500倍液噴灑，或800倍液70%甲基托布津可濕性粉劑噴灑。

③清除病株。感病嚴重病株要實時去除并處理掉，以削減侵染源。

④注重栽植地。為了防止菌核病感染，栽植地要阻止與十字花科植物輪作。